30년 전에 나타난 미지의 '침략성 외래 생물'로 인해 세상은 한번 멸망할 뻔했다. 인류와 이 '침략종'들은 서로 생활권 다툼을 한다. 현재로서는 인류의 안전이 가까스로 확보되어 있지만, 세상은 언제 멸망해도 이상하지 않다. 사람들은 죽음과 멸망을 두려워하며, 위험과 재해로부터 눈을 돌린 채 일상을 살아간다. 그런 와중에, 유엔 위험 생물 조사기관 EXCEEDS는 침략종으로 인한 위기와 재해를 물리치기 위해 활동을 시작한다. 이야기의 시작은 극동의 섬나라 '미즈호'. 외딴섬에 사는 침략종 구제 헌터 소녀 쿠제 시이나. 단 하나뿐인 가족인 여동생 세츠나와 조용히 지내길 소망하는 시이나를 덮치는 사건은-?