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검은 조직의 계략에 의해, 어린아이가 되어버린 고등학생 명탐정 남도일! 그는 자신과 주변 사람들의 안전을 위해 '코난'이란 이름을 사용하며 자신을 어린아이로 만들어 버린 검은 조직의 실체를 파헤치며 추리라곤 전혀 못 하는 유명한 탐정 대신 어려운 사건을 해결한다.