[1부 줄거리] 도쿄타워로 견학을 간 여중생, 히카루와 우미 그리고 후우는 갑자기 이세계 세피로의 에메로드 공주에 의해 소환된다. 마도사 클레프는 공주가 신관 자가토에게 납치되고 세계가 위기에 빠졌다는 것을 알려 준다. 공주와 세피로를 구하기 위해 전설의 마법 기사가 되어 길을 떠나는 세 소녀의 운명은? [2부 줄거리] 너무 가혹한 마법 기사로서의 진실을 알게 된 세 소녀는 마음에 큰 상처가 남는다. 현실 세계로 돌아온 세 소녀는 며칠 뒤에 다시 도쿄타워에 모여서 더는 후회하지 않기 위해 자신들의 의지로 세피로로 떠난다. 하지만 도착한 세피로는 기둥을 잃고 불안과 공포에 휩싸이며 붕괴 직전이었다. 심지어 기둥 시스템을 장악하기 위해 오토잠, 치제타, 파렌의 세 나라가 세피로를 침공하여 영토 문제로 발전하고 만다. 세 나라에서 세피로를 구하기 위해 소녀들이 다시 일어선다.