세계 인구의 절반을 사라지게 만든 세컨드 임팩트로부터 15년이 지난 서기 2015년. 열 네살 소년 이카리 신지는 특무 기관 네르프의 총사령관인 아버지, 이카리 겐도의 부름을 받아 제3 신도쿄시로 향한다. 하지만 제3 신도쿄시에 사도가 습격하고 오랜만에 재회한 아버지 이카리 겐도는 돌연 신지에게 에반게리온 초호기의 파일럿이 될 것을 강요하는데…