유희가 있던 시대에서 수십 년 후의 도미노 마을. 그곳은 빈부 격차 등으로 구별된 계급 사회 네오 도미노 시티로 바뀌었다. 새틀라이트 에리어에 사는 유성은 라이벌이자 현재 라이딩 듀얼 챔피언인 잭 아틀러스가 있는 탑 에리어를 바라본다. 그곳에 가서 목적을 이룰 것을 맹세한다. 유성의 동료 랠리가 듀얼 디스크의 발전계인 D 휠 부품을 손에 넣어 유성에게 가져온다. 받아 든 유성을 치안 유지국의 시큐리티가 포위한다. 동료 랠리를 감싸기 위해 유성은 시큐리티에게 듀얼을 제안한다. 유성과 시큐리티 우시오의 라이딩 듀얼이 시작된다.