어떤 과학의 초전자포 S

총인구 230만 명에 달하는 도쿄도 서부의 대부분을 차지하고 있는 거대한 도시. 그곳 인구의 약 80%가 학생이라는 점에서 ′학원도시′라고 불리고 있는 그 도시에서는 세계의 법칙을 비트는 초상현상을 일으키는 힘 ──초능력의 개발이 진행되고 있었다. 커리큘럼을 받고 능력을 얻은 학생들은 정기적인 시스템 스캔에 의해 레벨 0에서 레벨 5까지의 6단계로 평가되고 있었다. 그 정점에 서서 최강이라고 불리는 것이 일곱 명의 ′레벨 5′이다. 그중 한 명인 미사카 미코토. 전기를 자유자재로 다루는 ′일렉트로 마스터′ 최상위 능력자이자 ′레일건′의 이명을 가진 그녀는 명문 아가씨 학교인 토키와다이 중학교에 다니는 14살의 여중생이다. 후배이자 ′저지먼트′인 시라이 쿠로코. 쿠로코의 동료이자 아가씨를 동경하는 우이하루 카자리와 도시 전설을 좋아하는 그녀의 친구, 사텐 루이코. 그런 친구들과 평화롭고 평범하지만 조금 별난 학원도시적 일상을 보내던 미코토에게 갑자기 학원도시의 ′어둠′이 다가오는데──.