총인구 230만 명이 넘는 도쿄 서부에 있는 넓은 도시. 그곳 인구의 약 팔 할을 학생이 차지하고 있다고 하여 ′학원도시′라고 불리고 있는 그 도시에는 세계의 법칙을 비틀어 버리는 초상 현상을 일으키는 힘──초능력의 개발이 이루어지고 있었다. 특수한 수업을 받고 능력을 얻은 학생들은 정기적인 시스템 스캔을 통해 레벨 0에서 레벨 5까지 6단계로 평가받았다. 그 정점에 위치하며 최강이라고 평가받은 것이 7명의 ′초능력자′들이다. 그 중 한 명인 미사카 미코토. 전기를 자유자재로 조작하는 일렉트로 마스터로 최상위의 능력자이자 ′레일건′의 이명을 가지고 있는 그녀는 명문 아가씨 학교인 토키와다이 중학교에 다니는 14세의 여중생이다. 후배로 저지먼트인 시라이 쿠로코. 그 동료인 숙녀를 동경하는 우이하루 카자리와 도시 전설을 좋아하는 그녀의 친구 사텐 루이코. 그런 동료들과 보내는 평화롭고 평범하지만 조금은 별난 학원도시의 일상에 해마다 한 번씩 열리는 큰 이벤트가 다가오고 있었다. ′대패성제′. 일주일에 걸쳐서 개최되며 능력자들이 학교 대항전 형식으로 격전을 벌이는 거대한 운동회. 대회 기간 중에는 학원도시의 일부가 민간인들에게도 개방되어 전 세계로 그 모습이 중계되는 큰 이벤트를 앞두고 모두가 들떠 있었다. 그 화려한 무대 뒤편에서 꿈틀거리는 것에 대해서는 전혀 눈치채지 못한 채──.