닌자들은 니야를 바다에서 해방시키기 위해 법을 어기던 중, 닌자고의 악당들이 모여 자신들에게 맞서려는 음모를 알게 된다. 닌자들은 크리스털 킹의 협의회에 잠입해서 닌자고를 정복하려는 그의 계획을 밝혀낸다. 닌자들은 예전 동료들의 도움을 받아 새로운 힘을 깨우치게 되고, 결국 닌자고에 균형을 되찾는다.