기계의 몸을 통해 지구인의 수명이 수백년 늘어난 시대. 빈민촌에 엄마와 둘이 사는 테츠로는 누구나 기계의 몸을 받을 수 있다는 은하철도 999를 꿈꾼다. 하지만 기계 백작에게 엄마를 잃은 테츠로는 신비로운 여인 메텔의 도움을 받아 은하철도 999에 오르는데.. 무한한 우주의 끝에 있는 꿈과 희망의 별을 목표로 테츠로의 끝없는 여행이 시작된다.