마사코, 마스터 우, 클러치 파워스 교수가 탐사하던 중 실종된다. 그 소식을 들은 닌자들은 지도에도 나타나지 않은 미지의 섬으로 구조 작전을 펼치러 떠난다. 니야가 자꾸 이상한 기운에 에너지를 제대로 쓰지 못 하게 되자 닌자들은 그 이유를 찾기 위해 끝없는 바다 밑으로 향한다. 그곳에서 에서 니야는 자신의 힘은 고대 신비한 존재와 관련이 있다는 사실을 알게 되는데...