축구가 돌아왔다. 축구금지령은 해제되고 자유롭게 축구를 즐기는 세계로 다시 돌아온 썬더일레븐에게 새로운 승부가 시작된다. 소년 축구의 세계최강을 정하는 축구대회 제 2회 풋볼프런티어 인터내셔널이 시작되고... 세계 정상을 노리는 한국대표 멤버로 마루와 태검, 동윤이 선발되고, 특별한 팀메이트들을 만나게 된다.