메가진화, 그것은 칼로스지방에 전해 내려오는 포켓몬의 새로운 진화 형태. 과연 메가진화란 모든 포켓몬에게 일어나는 것일까? 이 이야기는 한 청년 트레이너 알랭과 파트너 리자몽을 중심으로 전개된다.