검은 조직에 의해 어린아이가 되어버린 고등학생 명탐정 남도일. 그는 자신과 주변 사람들의 안전을 위해 코난 이란 이름으로 유명한 탐정의 딸이자 자신의 소꿉 친구인 미란이의 집에 얹혀 살게 된다. 자신을 어린아이로 만들어 버린 검은 조직의 실체를 파헤치며 추리라곤 전혀 못하는 유명한 탐정 대신 어려운 사건을 해결하는데…!