지우 일행은 여행도중 수중 포켓몬쇼로 유명한 마리나 서커스단의 「이자벨」과 만난다. 「물의 일족」의 후손인 이자벨로부터 「아크셔 신전」에 「바다의 왕관」이라고 불리는 보물이 숨겨져 있다는 전설을 듣는다. 그러던 중 해적 두목 「팬텀」이 습격해 온다. 세계 정복 야망을 품고 있는 팬텀은 보물 「바다의 왕관」을 빼앗기 위하여 이자벨 일행이 보호하고 있던 「바다의 왕자」라고 불리는 포켓몬 알을 노리고 있었던 것이다. 격렬한 싸움중에 돌연 강렬한 빛을 내뿜으며 알에서 환상의 포켓몬 마나피가 탄생한다.