오렌지제도를 여행하던 지우 일행. 그들 앞에 의문의 수집가 「라단」이 나타나 불의 신이라고 불리는 「특별한 파이어」를 붙잡아 버린다. 그것이 원인이 되어 자연계의 균형은 망가지고, 세계에는 천재지변이 일어나기 시작한다. 지우 일행은 세계를 구할 수 있을 것인가... 그리고 이 순간에 나타난 환상의 포켓몬 「루기아」는 과연 적인가 아군인가?!