해적식당에 간 뽀로로와 친구들은 우연히 전설의 보물지도를 손에 넣어 보물섬으로 향한다. 고대문명의 비밀이 간직된 신비의 보물섬에서 흩어진 친구들을 찾아 헤매던 중 그곳에 오랫동안 갇혀있던 해적영웅 실버 선장을 만나고, 함께 보물지도의 수수께끼를 풀어낸다. 하지만 뒤쫓아온 악당해적 블랙선장과, 보물섬의 괴물들로 인해 위기에 빠지게 되는데...