전쟁이 끝난 후 10년이 지난 도쿄에서는 불발탄이 발견되어 큰 소동이 일어난다. 거대 로봇 철인 28호를 조종해 범죄를 해결해 나가는 소년 탐정 카네다 쇼타로의 앞에는 자신을 쇼타로라고 주장하는 인물이 나타나 능숙하게 철인 28호를 조종한다. 한편, 불발탄을 노리는 수수께끼의 어둠의 조직이 움직이기 시작하면서 쇼타로는 혼란에 빠지고, 설상가상으로 철인 28호마저 갑작스럽게 폭주한다. 그와 함께 오랜 시간 숨겨져 있던 비밀이 서서히 모습을 드러내기 시작하는데…