앨리스가 봉인하고 탈출한 하이브를 엄브렐러가 연구목적으로 다시 열면서 죽음의 바이러스는 라쿤 시티 전체로 확산된다. 탈출하려는 시민들로 도시는 거의 폭동으로까지 번지지만, 엄브렐러사는 자신들의 실수를 은폐하기 위해 도시와 외부가 연결되는 유일한 통로를 차단해 버리고 만다. 낯선 병원에서 눈을 뜬 앨리스는 폐쇄된 도시 속에 또다시 고립되었음을 알게되는데... 한편 차단된 라쿤 시티에 갇힌 특수요원 질 일행과 합류한 앨리스는 한치 앞을 예상할 수 없는 죽음의 공포 속에서 힘겨운 싸움을 벌이던 중, T바이러스 개발자인 찰스박사로부터 도시 어딘가에 고립된 그의 어린 딸을 구해주는 조건으로 그들에게 탈출할 방법을 알려주겠다는 거래를 제안받는다. 이제 앨리스 일행의 유일한 희망은 도시 어딘가에 숨어있는 과학자의 딸을 구출하는 것 뿐!