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'너, 내 조수가 돼라.' 사건에 휘말리는 체질의 소년 키미즈카 키미히코는 상공 1만 미터 위를 나는 비행기 안에서 자신이 탐정이라고 하는 천사같이 아름다운 소녀 시에스타의 조수가 되었다. 두 사람은 세계의 적과 싸우기 위해 3년에 걸쳐 세상 이곳저곳을 돌아다니고 눈앞이 아찔해지는 모험극을 펼친 끝에... 죽음으로써 헤어졌다. 시에스타의 죽음으로부터 1년. 홀로 살아남고만 키미즈카 앞에, 의뢰인을 자처하는 소녀 나츠나기 나기사가 나타났다. 그녀의 의뢰를 받아들이고 다시 한번 조수가 된 키미즈카는 이윽고 '명탐정'의 죽음에 관련된 진상에 다다랐다. 하지만 그 진상을 접하며 키미즈카 일행은 알게 되었다. 완전무결한 명탐정이 저지른 실수를. '명탐정'의 유지를 잇는 것의 진짜 의미를. 탐정은 이미 죽었다. 죽음에 관련된 진상도 밝혀졌다. 하지만, 에필로그에 이르기엔 아직 이르다.