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정체를 알 수 없는 무기 때문에 풀려난 원소 몬스터들이 병합된 땅을 헤집고 다니고, 닌자들은 근원의 드래곤들의 지원을 받지 못한 채 뿔뿔이 흩어지고 만다. 로이드는 달라진 상황을 안정시키기 위해 자신이 가진 원소의 힘을 파악하려 애쓰고, 차세대 닌자들은 자신의 힘으로 집으로 돌아가 닌자고를 지키려 한다.