장마철이 되어 조정에서 비가 얼마나 오는지 측정을 하려고 하는데 측우기가 사라져 버린다. 조정에서 백성들의 농사를 짓는데 필요한 비의 양을 가늠하는 측우기가 사라져 비상이 걸린다. 주상전하는 어사 진금룡에게 측우기를 찾으라는 하명을 내려진다. 어사 쿵도령은 친구들과 함께 수사를 하다가 놀라운 것을 알게 되면서 이야기는 시작된다. 태백산에 은거하던 도깨비들의 왕‘비토’는 세상을 모두 지배하려는 욕심으로 영험한 힘을 가지려고 한다. 그런 힘을 가지려면 조선팔도의 유명한 유물 13개(백자, 대동여지도, 쌍자총통, 벽화,동의보감,난중일기등등)를 훔쳐 비토의 동굴에 모아놓고 백일 동안 하늘에 기도를 해야 힘을 가질 수가 있었다. 그래서 비토는 부하들을 시켜 조선의 유물들을 훔치기 시작하게 되었다. 어사쿵도령과 친구들은 탐문 끝에 도깨비들을 추적하여 그들의 앞을 막는다. 그러나 도깨비들은 다양하게 변신하고, 갖은 재주를 부려 체포하는데 어려움을 겪는다. 하지만 쿵도려의 지혜와 두칠의 힘으로 측우기를 찾기는 하지만 도깨비들은 탈출해서 도망쳐버린다. 어사 쿵도령은 그 과정에서 새로운 사실을 알게 되는데, 도깨비들이 유물을 모아놓을수록 그 영험한 힘을 받아 점점 힘이 강해진다는 것. 어사 쿵도령은 되찾은 측우기를 주상전하께 드리고 도깨비들이 다음으로 노리는 유물이 있는 고을로 길을 떠난다. 그리고 각 고을에서 유물들을 훔쳐가려는 도깨비들에 맞서 싸운다, 때로는 고을 사람들의 도움도 받기도 하며, 도깨비들의 본부를 습격 하면서 유물들을 지켜낸다. 각 드라마가 진행되며 유물들의 역사, 의미, 소중함이 시청자들에게 자연스럽게 알려진다. 과연 어사 쿵도령은 갈수록 강해지는 도깨비들을 막아내며 우리의 보물, 유물을 모두 지켜낼 것인가