가마돈은 크립타리움 특별 감옥에 갇히고, 닌자고 시티는 평화를 되찾는다. 그러나 가마돈은 로이드를 불러, 어둠이 몰려온다며 자신과 한 편이 될 것을 제안한다. 가마돈의 말대로, 닌자고에 흑구름 같은 어둠이 스며들고, 도깨비 군단이 사람들을 공격한다. 닌자들은 어둠의 도깨비들에게 맞서 싸워보지만, 자신들의 힘으론 불가능하다는 걸 깨닫게 된다. 도깨비를 잡으려면 도깨비를 알아야 하는 법. 닌자들은 의외의 인물을 찾아가는데…